Eretta nel 1197 nel borgo fuori dalle mura, dal giudice Falco uno dei capostipiti della famiglia Falcone, il quale appena ebbe la nomina a giudice della curia imperiale, volle come gesto di ringraziamento finanziare la costruzione di questa chiesa.

In origine Santa Margherita era una piccola chiesa posta fuori dalle mura nei campi di proprietà della famiglia Falcone, luogo di preghiera per il nuovo borgo che stava nascendo.
Uno dei pochi esempi di romanico pugliese puro in Puglia, risulta immune da rifacimenti posteriori, per questo ha conservato intatta nei secoli la sua bellezza.
Costruita in blocchetti di pietra uniti da pochissima malta, ha pianta rettangolare con volta a botte e cupola centrale.



La cupola è coperta da un tetto a piramide.
La facciata a capanna molto lineare presenta un piccolo rosone centrale ed è decorata da archetti, che si ripetono anche sugli altri tre lati.
Detta chiesa sorse con funzioni prettamente cimiteriali infatti il lato esterno nord è occupato dalle tombe dei componenti la famiglia dei Falconi.
Tre sono gli originali e pregevoli sepolcri dei Falcone, costruiti in pietra tufacea risultano essere gli unici del genere in Puglia.

Il primo dedicato a Mauro e Basilio Falcone reca sul muro sovrastante tracce di un baldacchino, il secondo molto ricco di rilievi e trafori è dedicato a Riccardo Falcone e ricorda nella sua fattura le tombe dei re Angioini presenti in Santa Chiara a Napoli.
Il terzo è dedicato ai fanciulli Falcone , opera di Anseremo da Trani, si presenta con un baldacchino ad arco tribolo poggiante su due colonnine.

Il sepolcro di Basilio e Mauro venne semidistrutto per consentire il passaggio di alcune botti.
Fino ad un secolo fa vi era infissa nel muro e fungeva da acquasantiera , un urna funeraria in alabastro del V secolo, oggi trovasi nel museo storico di Taranto.
La chiesa oggi versa in uno stato di abbandono totale, per poterla visitare ( se ancora possibile) bisogna rivolgersi all’ufficio della Polizia Urbana.