Nel 1063 il Papa Alessandro II istituisce in Vescegghie la diocesi affidandola al suo primo Vescovo Giovanni.
In città il potere civile ed ecclesiastico è riunito nelle mani del Vescovo , che risiede nell'Episcopio che è anche sede del comune.
E' questa l'epoca in cui la città si fregia dello stemma civico in cui è raffigurata una quercia che ricorda il nome del luogo, Vescegghie, nome che nei documenti ufficiali verra erroneamente latinizzato in Vigiliae.
Nel 1073 viene iniziata la costruzione della Cattedrale dedicata a San Pietro, in onore al nome del Conte, ma il popolo era devoto già di Sant'Antonio Abate primo protettore della città, tanto da trasferirne il culto nella Cattedrale appena costruita.

Sono anni questi in cui la città sembra un unico cantiere, palazzi patrizi si affiancano a case popolari, su vie piuttosto strette ed oscure, intorno ad un unico centro vitale;il Duomo. (la strettezza delle vie aveva uno scopo ben preciso, consentiva una facile difesa in caso di attacco nemico).
Nel 1074 venne eretta la chiesa di Sant'Adoeno in onore del protettore dei soldati normanni, e nello stesso anno il vescovo Dumnello concede l'utilizzo della stessa a d oltre 100 famiglie di casalini provenienti dai casali di Cirignano, Pacciano e Zappino i quali in cambio della piena autonomia con diritto di battezzare, di suonare le campane e di nominare i rettori, si impegnano a versare al vescovo un censo annuale.

E' un periodo prospero per Bisceglie, l'attività marinara và a gonfie vele, vengono allacciate relazioni commerciali con le Repubbliche Marinare, specie con Amalfi dalla quale si trasferiscono numerosi nuclei di commercianti, portando con loro costumi e tradizioni.
Così mentre la fiorente città di Trani emanava gli Ordinamenta Maris, i marinai di Bisceglie stipulavano accordi commerciali con le città con le quali venivano in contatto, così come ne testimonia la Carta Marinara del 1211 nella quale si descrive l'accordo commerciale con la città di Ragusa Dalmata.
In questo accordo si stabiliva la reciproca revoca della tasse sulle merci vendute e dei diritti portuali.
Anche Bisceglie come la vicina Trani ebbe la sua colonia di ebrei, testimonianza ne è stata fino a pochi anni fa nel nome della strada La Giudea oggi via Tevere.
I biscegliesi furono poco tolleranti con gli ebrei , infatti nel 500 le leggi locali vietavano la residenza in città ad ebrei ed eretici al massimo potevano rimanervi per affari solo tre giorni, altrimenti venivano puniti con la confisca dei beni e con punizioni corporali.

Nel 1222 l'Imperatore Federico II costruì il castello affiancandolo alla Torre Normanna, l'edificio a pianta quadrangolare aveva torri quadrate agli angoli.
Costruito con poche ed eleganti stanze, venne custodito da un castellano e da pochi fanti a cavallo.
Verso la fine del 500 il castello, risultato essere inadatto secondo i nuovi criteri di fortificazione, venne completamente abbandonato entrando a far parte del patrimonio comunale.
Gli Svevi , oltre al castello, edificarono torri di vedetta nell'agro come la Torre Gavetino nella omonima zona, o la torre di Sant'antonio , o quella di Zappino nei pressi del casale.